Rhinoviren (hRV)TaqMan RT PCR

Indikation

Rhinoviren mit den 3 Spezies (A,B und C) und mehr als 100 Typen gehören zum Genus Enteroviren. Epidemisch treten Rhinoviren insbesondere in der kälteren Jahreszeit auf. Die Übertragung erfolgt überwiedgend über Schmierinfektion, zum kleinen Teil auch durch Tröpfcheninfektion. Die Durchseuchung ist hoch, multiple Infektionen mit unterschiedlichen Typen im Laufe des Lebens sind die Regel. Nach einer Inkubationszeit von 1-3 Tagen entwickeln sich die typischen Symptome einer banalen Erkältungskrankheit mit Rhinitis, Pharyngitis. die Symptome bleiben 2-3 Tage maximal und gehen dann langsam zurück. Bronchitis sowie Pneumonien können bei besonders gefährdeten Patienten (Immungeschwächte, Turorpatienten etc.) auftreten.

Eine Routinediagnostik ist in der Mehrzahl der Fälle nicht erforderlich.
Bei besonders gefährdeten Patienten, insbesondere bei Infektionen des tiefen Respirationstrakts, empfiehlt sich der Direktnachweis mittels RT-PCR

Methode

Polymerase Kettenreaktion:

Die Amplifikation und Detektion basiert auf dem TaqMan-Format.

Extrahierte RNA wird in einem Reaktionsansatz zunächst revers in die entsprechende cDNA transkribiert und diese wird anschließend mittels PCR amplifiziert. Während des Annealings hybridisieren sowohl die beiden spezifischen PCR-Primer als auch zwei für dieses Detektionsverfahren erforderliche, spezifische fluorogene Sonde am nachzuweisenden Amplifikat. Im gleichzeitig ablaufenden Extensionsschritt (Zwei-Schritt-PCR) wird diese Sonde von der 5`-3`Exonuklease-Aktivität der Taq-Polymerase gespalten, wodurch das Fluoreszenzsignal ansteigt. Übersteigt das Messsignal einen von der Software des Gerätes berechneten cut-off Wert, so gilt die Probe als "positiv" und der entsprechende PCR-Zyklus, in dem die Fluoreszenz diesen "threshold" übersteigt, wird als "threshold cycle" C_Tdefiniert.

Die PCR wird in der 5´-UTR Region des Virusgenoms durchgeführt.

Gerät: 7500 Real Time PCR System (ABI)

Material

• Respiratorische Spülflüssigkeiten
• Aspirate aus dem Nasopharynx
• Aspirate aus der Trachea 
• Abstriche aus Nase/Rachen

Präanalytik

Das Untersuchungmateriel sollte taggleich zum Labor transportiert werden. Eine sofortige Vorbereitung des Materials ist erforderlich für eine optimale Aussagekraft des Ergebnisses.

Die Untersuchungsproben werden direkt nach Probeneingang bearbeitet oder bei -20 °C gelagert.

Hinweise

Beurteilung:

Der Nachweis des Virus beweist die Infektion.

Aufgrund hoher Sequenzidentitäten sind die Spezies Enterovirus und Rhinovirus in der PCR nicht sauber voneinander zu trennen. Es ist zu beachten, dass Kreuzreaktivitäten auftreten können. Mitglieder der Spezies Enterovirus reagieren allerdings deutlich schlechter in der PCR für Rhinoviren und umgekehrt. Weitere Hinweise auf die Spezies sind durch das Probenmaterial gegeben. Rhinoviren sind im Unterschied zu Enteroviren  säurelabil, so dass sie den Gastrointestinaltrakt nicht besiedeln. Es kommt fast nie zur Generalisierung bei einer Infektion mit Rhinovirus. 

Der Nachweis von humanem Rhinovirus mittels Polymerase-Kettenreaktion ist aktuell keine Kassenleistung!

Sonstiges

Literatur:

• Medizinische Mikrobiologie und Infektiologie
  (Hrsg.: S. Suerbaum, G-D. Burchard, H.E. Kaufmann, T.F. Schulz)
  Springer Verlag 2020 9. Auflage